Située sur la route touristique de Chagny à Cluny, La commune de Fontaines occupe la partie de la côte chalonnaise appelée Montagne St Hilaire et la plaine située à l’est de cette montagne. Elle est traversée par le canal de Centre .Deux forts ruisseaux, produits par plusieurs fontaines, alimentent la rivière la Thalie qui prend sa source à Rully et se jette dans la Saône au Sud de Chalon.Le gros bourg vigneron possède de très belles et anciennes maisons à galeries extérieures ainsi que plusieurs lavoirs dont un de forme polygonaleFontaines, Fontanoe, Fontes, dépendait du bailliage, de la recette et du diocèse de Chalon, de l’archiprêtré de Rully et de la justice temporelle de l’évêque de Chalon.